Den första nationella flaggan i Peru skapades 1820, då José de San Martín anlände med sin armé i Andesbotten från Argentina och Chile. Den peruanska flaggan som han designade kombinerade färgerna röd och vit, som sades ha valts eftersom San Martín såg en flock flamingos ta vingen vid sin ankomst. Flaggens form var ovanlig - en diagonal uppdelning som bildade två vita och två röda trianglar med ett vapensköld i mitten. När lokala självständighetspartisaner etablerade sig, antogs en annan flagga den 15 mars 1822. Denna flaggs likhet (lika röd-vit-röda horisontella ränder med en röd sol, Incas imperiets traditionella emblem, i mitten) till det av Spanien orsakade förvirring, och det ändrades snart (31 maj) till en flagga med vertikala ränder, men solembletet stod kvar i mitten.

Quiz Sydamerika: fakta eller fiktion? Mycket av västkusten i Sydamerika är mycket torr.

Den 25 februari 1825 etablerades designen som nu används. De röd-vit-röda vertikala ränderna från den tidigare flaggan behölls, men solen ersattes av ett nytt vapensköld. Skölden är inramad av en krans (av palm- och laurbærgrenar) och överträffad av en annan. Skölden är indelad i tre delar med figurer symboliska för nationell stolthet och rikedom. Vicuña, en fritt-roaming kamelid som är nära besläktad med lama och alpakka, representeras i det första kvarteret; Förutom att den representerar rikedomen i den peruanska faunan står den för frihet, nationell stolthet och hjältemod. Den andra kvarteringen har ett cinchonaträd vars bark används för att göra kinin. Slutligen visar den nedre halvan av skölden ett hornhinnande ur vilket spillde guld- och silvermynt, symboliskt för landets mineralförmögenhet. För övrigt,flagganas vita rand sägs representera renhet, och den röda påminner om patriots blod. Liksom i ett antal andra länder visar den civila flaggan som flygs av privata medborgare endast ränderna, vapenskölden är reserverat för flaggor som tjänar officiella (dvs. regeringens) syften.